El Colectivo Ecologista Riojano esta organizado en las siguientes Comisiones de Trabajo:

Comisión en defensa de los ríos y riberas.

Es la última comisión de trabajo que se ha creado en el CER.
Las materias en las cuales está desarrollando sus actividades son:

- Caudales ecológicos.
- Recuperación ambiental de ríos y riberas.
- Fomento de la pesca sin muerte.
- Vertidos contaminantes.
- Y otras muchas cuestiones para lograr ecosistemas de ribera y ríos vivos.

Comisión de educación ambiental

Las actividades que desarrolla son:

- Realización de talleres de educación ambiental

- Publicaciones

- Campañas de concienciación ambiental

Comisión de espacios naturales y montaña

Dedicada a:

- La conservación y defensa de los espacios naturales de La Rioja.

- Preparación y realización de excursiones

- Y proyectos de recuperación de espacios naturales

Secretaria